Nama Linggi diabadikan daripada nama sebatang sungai yang mengalir dari pedalaman Seremban ke Selat Melaka. Menurut Gullick (1949), nama ini dipercayai berasal daripada “linggi-linggi”, iaitu sejenis perkakas di bahagian belakang kapal. Bila nama itu mula digunakan bagi petempatan masih belum dapat dipastikan. Gullick mencadangkan tahun 1783, apabila kawasan Linggi sekarang mula diteroka, namun nama Linggi sudah digunakan bagi sungai itu sejak sekitar tahun 1720-an lagi.
Sungai ini bercabang dua kira-kira lapan kilometer dari kualanya, di Simpang. Satu cabang berhulu di Sungai Ujong dan satu lagi di pedalaman Rembau. Sebelum abad ke-18, cabang dari Rembau dikenali dengan beberapa nama. Sejarah Melayu menyebut kualanya sebagai Kuala Penajuh, manakala peta lakar Eredia (1613) dan Resende (sekitar 1638) mencatatnya sebagai Panagim. Laporan Gabenor Belanda, Bort (1678), pula menggunakan ejaan Panagie, Pannage dan Pannagie. Cabang dari Sungai Ujong pula dikenali sebagai Batang Penar.
Mulai tahun 1720-an, bahagian hilir sungai dari Simpang ke kualanya dinamakan Sungai Linggi. Pada awal abad ke-19, Batang Penar turut ditukar namanya kepada Sungai Linggi, mungkin oleh pihak Inggeris. Menurut Norhalim Hj. Ibrahim, petempatan bernama Linggi di bahagian hilir Simpang telah “hilang” pada pertengahan abad ke-18, dan nama itu muncul semula di kawasan lain yang lebih ke hulu pada akhir abad ke-18 atau awal abad ke-19. Peta Eredia (1613) juga mencatat nama “Linge”, yang mungkin merujuk kepada Linggi, walaupun lokasinya berbeza daripada Kampung Linggi hari ini.
“…dari Kampung Keling datang ke Kuala Penajuh itu pun tiada berputusan lagi.”
— Sejarah Melayu (Tun Seri Lanang, sekitar 1612), seperti dipetik dalam Norhalim Hj. Ibrahim (1998), hlm. 14.


